Num futuro distante a humanidade regressa ao planeta Terra para pesquisar sobre o seu passado. Ao regressar ao planeta, mais propriamente a Portugal encontra uma arquivista que se mantém vivo após séculos, graças a elevada tecnologia, e que conta a história de Loulé e, consequentemente do planeta ao longo de milénios.

A história começa, como não poderia deixar de ser, com o surgir de vida no planeta, introduzindo a época dos dinossauros e os fósseis respectivos, prosseguindo com o surgir do homem e as várias civilizações que influenciaram a zona de Loulé – desde os romanos aos árabes. Neste componente a história pára para apresentar uma lenda mourisca da região (contada por uma personagem que é uma referência a Geraldes  Lino).

Seguem-se, claro, os reis portugueses e uma rápida progressão até à actualidade, sem esquecer a referência aos artistas de Loulé e aos eventos culturais da região, com destaque para o trabalho de Lídia Jorge e de Mousi (autora de Altamente).

Os segredos de Loulé arranja uma premissa pouco usual para contar a história de uma região utilizando investigadores do futuro para dispor o surgir de uma cidade e para apresentar alguns elementos curiosos. É uma história que apresenta história sem estar sobrecarregada com os factos e que concede pausas entre a exposição, focando os elementos principais e podendo servir de introdução para pesquisas mais profundas.